А оно Вам говорит "Посадочные места компонентов имеют элементы на несуществующих слоях. Эти слои созданы с именами типа MissingLayerXX"
Про библиотеку: во многих компонентах графика вместо слоя ТопСилк (или ТопАсси) находится на слое Топ (проводящий слой).
Если не трудно, ответьте, пожалуйста, почему в библиотеке визуально контактные площадки нормальные, а при передаче их в PCB они подменяются другим типом площадки (см. архив)?