На скриншоте от CAM они перекрыты на слое TopMask.
Это означает, что они типа Plated и могут быть на всех слоях. по картинке от AD отверстия видны, значит они точно на слое MultiLayer
В каме сройте все слои, и просматривайте гербера по одному.
Вы, скоре всего, получили то, что полностью соответствует PCB |