Зачем его удалять? Если вам нужен вырез то он и должен быть на плате иначе после перезаливки он пропадет. Непонятна ваша конечная задача. Вам мешают белые квадратики? Попробуйте поиграться с размерами системных шрифтов в Винде. Есть такой глюк.
я переделывваю плату, и мне надо не просто вырез сделать, а по сути удалить кусок металлизации, нашла как это сделать только с помощью выреза. Нашла что квадратики исчезают если оставшуюся металлизацию зафиксировать.